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本实验室的日常管理工作由实验室主任和副主任负责，由学术秘书（兼职）、行政秘书处理日常事务和运行管理工作。实验室对制定的规章制度进行不断地完善和补充，例如：实验室研究人员和工作人员守则、科学技术归档制度、涉密人员管理规定（内部）、仪器设备使用制度、实验室经费管理和使用制度、实验室安全制度及实验室应急措施以及青年学者启动经费申请与执行等等。
2014年度学校下拨实验室日常运行经费50万元，高级访问学者项目经费50万元。日常运行经费主要用于串列加速的日常维护、资助经费短缺的青年教师的科研工作，扶持新的学科增长点，为实验室今后的发展和提升打下基础。高级访问学者项目经费用于促进各学科方向的对外合作交流，推动实验室在理论计算、实验设备优化等发面的科研发展，在一定程度上提升了实验室的整体实力与国际影响力。
按照原来的计划，本实验室将于2014年9月参加教育部组织的数理、地学领域重点实验室评估。由于本实验室历年的评估成绩不理想，为顺利通过此次评估，作为校内主管部门的科技处对本实验室予以了特别的关注，指导和协助本实验室开展认真的总结梳理，将实验室在评估周期内的建设成效和存在的问题进行了收集和整理，有针对性地给出改进意见和建议，并积极向学校争取资源，为实验室应对此次评估奠定了良好的基础。
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