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实验室工作由实验室主任和副主任负责，由学术秘书（兼职）、行政秘书处理日常事务和运行管理工作。实验室对制定的规章制度进行不断地完善和补充，例如：实验室研究人员和工作人员守则、科学技术归档制度、涉密人员管理规定（内部）、仪器设备使用制度、实验室经费管理和使用制度、实验室安全制度及实验室应急措施以及青年学者启动经费申请与执行等等。
2010年7月产生了新一届学术委员会，由20位专家教授组成，其中14位是外单位的专家。2010年12月召开了学术委员会会议，审议实验室工作报告和核技术专业本科教学培养方案，研讨如何进一步凝练实验室的研究方向提高原始性创新能力，培养和凝聚高层次人才，促进学术交流等等，这对实验室长远的建设和发展作出了十分重要的积极作用。
2010年度，依托单位复旦大学在各个方面对实验室发展给予了大力支持，学校通过“211工程”三期（100万元）和上海市重点学科（原子分子物理）（83万元）重点支持实验室所在的学科建设，以及实验室日常运行费20万元。主管部门教育部下拨09-10年度院系基本科研业务费60万元。实验室工作条件不断改善，为进一步提升和发展打下了重要的基础。通过校高级访问学者计划资助经费28万元。
实验室设立“核物理专业82级校友”奖助学金，奖励本实验室品学兼优的研究生政策。实验室主要设备集中在一幢大楼内，配有专门的保安和保洁员，为科研工作提供了良好的环境。
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